菌種的保藏是無菌檢驗、微生物限度檢驗工作中的一項重要內容。用人工方法低溫、干燥、缺氧、缺營養等方法控制微生物的代謝，使細胞基本上處于休眠狀態，繁殖受到抑制但仍保持菌種原有的各種生物學特性，以達到保種的目的。菌種保藏的關鍵是不變異、不污染、不死亡。

　　1.菌種保藏步驟1.1挑選特征典型的純菌菌落。其方法是用接種環挑取少許菌苔，接種至2ml營養肉湯或0.9%氯化鈉溶液中制成菌液，再取一環菌液在營養瓊脂平板上分區劃線，培養后可見單個菌落生長。1.2凡能產生孢子或芽胞的微生物都用孢子和芽孢進行保種。孢子和芽胞的代謝作用較弱，但對惡劣環境有很強的抵抗。在傳代前，將菌液管放入80℃水浴中作用30分鐘，殺死雜菌繁殖體后用芽孢傳代。 1.3定期對保藏菌種進行檢查、分離、純化，以防菌種變異及衰退，檢查項目包括菌落形態、染色、鏡檢、生化特性及血清學檢查。1.4選擇適宜的培養基及保藏方法。

　　2.常用菌種的保藏方法

　　2.1普通瓊脂斜面 用于常用菌株的傳代。在營養瓊脂培養基內按0.5%加入瓊脂粉配制而成。接種培養后，將菌種管用硅膠塞塞緊，置4℃冰箱保存，每隔2～3個月傳種1次。銅綠假單孢菌在冰箱中易發生菌體自溶而死亡，其菌種須放25℃培養箱內保存。

　　2.2半固體瓊脂 用于常用菌株的傳代。在營養肉湯培養基內按0.5%加入瓊脂粉配制而成。穿刺接種培養后，置4℃冰箱保存，6個月傳種1次。如在培養管內加少量無菌液體石蠟隔絕空氣，減少水分蒸發，可延長菌種的保藏期。

　　2.3真菌瓊脂斜面 用于真菌的傳代。在真菌培養基內按1.3%加入瓊脂粉配制而成。劃線接種后，20～25℃培養24小時，置4℃冰箱保存，3～6個月傳種1次。

　　2.4沙氏瓊脂斜面 用于真菌的傳代。配方：蛋白胨10g ，葡萄糖10g，瓊脂粉13g，加蒸餾水1000ml，待上述成分溶化后，搖勻分裝，115℃滅菌20分鐘，趁熱擺成斜面。劃線接種后，20～25℃培養24小時，置4℃冰箱保存，3～6個月傳種1次。

　　2.5 40%甘油水 用于細菌的傳代。配制方法：甘油40ml加水至100ml即成。分裝至試管內，每支2ml左右，121℃滅菌20分鐘備用。接種細菌后直接放4℃冰箱保存，6～12個月傳代1次。

　　2.6需氣菌、厭氣菌培養基 用于生孢梭菌的傳代。取生孢梭菌CMCCB64941菌液1ml至需氣菌、厭氣菌培養基15ml內，30～35℃培養18～24h，置4℃冰箱內保存3～6個月傳種1次。

　　2.7 皰肉培養基 用于破傷風梭菌的傳代。取破傷風梭菌CMCCB64067菌液0.1ml接種于皰肉培養基內，36℃±1℃厭氧培養3～4天，置4℃冰箱保存，6～12個月傳代1次。

　　2.8 液氮超低溫保藏法 適用于各類微生物的保藏。液氮溫度可達-196℃，此時菌種的新陳代謝活動已停止，但不會死亡。在配制好的菌液內加10%甘油作為保護劑，分裝于安瓿中，置液氮罐內可保存10年之久。

　　2.9冷凍真空干燥保藏法 本法廣泛適用于各類微生物的保藏，包括病毒和噬菌體。將菌液混于有保護作用的介質內，分裝于滅菌菌種管內，速凍后抽真空，使菌液很快變為疏松的干燥菌粉，最后在真空狀態下密封管口，菌種保存期最長可達20年以上。