集菌儀和微生物限度檢測儀主要都是用作微生物、細菌之類的吸附、檢查。二者的區別如下：

　　1、集菌儀是做無菌檢測的，微生物限度檢測儀是做有菌檢測，二者都是薄膜過濾法。

　　2、集菌儀是集菌培養器的配套使用儀器，通過集菌儀的定向蠕動加壓作用，供試品被過濾并在濾器內進行培養，以檢驗供試品是否含菌。集菌儀的作用是檢驗供試品是否含菌的儀器，配套集菌培養器使用。主要用于注射用無菌制劑的無菌檢測，包括抗生素類及含有抑菌成份的藥品、大輸液、水針劑、滅菌醫療器具、無菌注射用水等。

　　微生物限度檢測儀一般采用不銹鋼金屬材料制成，配有內置或外置隔膜液泵，將供試品注入微生物限度培養器內，通過檢驗儀自的隔膜液泵負壓抽濾，將供試品中微生物截留在濾膜上，用取膜器取出濾膜，轉移至配置好的固體培養基上，菌面朝上，平貼。蓋上蓋子形成封閉的培養盒，置于相應的恒溫培養箱內培養并計數。

　　3、價格方面集菌儀相對于微生物限度檢測儀較便宜點，微生物限度檢測儀比較貴。